Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan Universitas Maritim Raja Ali Haji didirikan pada tahun 2007, sebagaimana yang tertera dalam SK. Yayasan Pendidikan Provinsi Kepuluan Riau No. 01.a tahun 2007 tanggal 10 September 2007 tentang Pembentukan Fakultas-fakultas Universitas Maritim Raja Ali Haji. Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan Universitas Maritim Raja Ali Haji saat ini mengelola dua Program Studi yaitu : Program Studi Ilmu Kelautan (IKL), dan Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan (MSP).
Fakultas Ilmu Kelautan dan Perikanan Universitas Maritim Raja Ali Haji Tanjungpinang sejak kuliah perdana Tahun Akademik 2007/2008 telah menjalankan program pendidikan dengan menggunakan Sistem Kredit Semester (SKS), sebagaimana yang telah ditetapkan oleh Kementerian Pendidikan Nasional. Pengaturan matakuliah dengan ketentuan sks menurut bobot satuan kredit masing-masing mengacu pada Keputusan Rektor Universitas Maritim Raja Ali Haji No. 01/SKR/2008 Tentang Daftar Kurikulum yang Berlaku pada Beberapa Program Studi di Lingkungan Universitas Maritim Raja Ali Haji yang mengacu kepada Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia No. 232/U/2000 tentang Penyusunan Kurikulum Perguruan Tinggi dan Penilaian Hasil Belajar Mahasiswa.